Das Gerät wird über die Software Agymotion je nach Modell mithilfe eines Steuerbildschirms des Gerätes oder über einen Computer gesteuert. Mit diesem Programm kann der Anwender ganz einfach die gewünschten Extraktionsparameter auswählen: Oszillationsamplitude, Oszillationsfrequenz, Geschwindigkeit der Probe, Beschleunigung und Beschleunigungsprofil sowie Rührzeit und Rühr- und Ruhezyklen. Die Parameter der einzelnen Durchgänge und der Benutzer werden zur Kontrolle in einem USB-Speicher festgehalten.
Programmierschema eines Rührvorgangs:
