El control del equipo se realiza mediante el uso del software Agymotion a través de la pantalla de control del equipo o bien un ordenador (según modelo). Mediante este programa, de forma sencilla el usuario puede seleccionar los parámetros de extracción: amplitud de oscilación, frecuencia de oscilación, velocidad que alcanza la muestra, aceleración y perfil de aceleración así como el tiempo de agitación y los ciclos de agitación y reposo. Los parámetros de cada operación y el usuario quedan registrados en una memoria USB para su auditoria.
Esquema de programación de una agitación:
